在食品與農產品的進出口事務方面，主要由馬來西亞皇家海關總署(Royal Malaysia Customs Department, RMCD)負責進出口事務的程序與申報。
在食品/農食產品相關的進口檢驗與檢疫事項，由馬來西亞檢疫檢驗局(Department of Malaysia Quarantine and Inspection Service, MAQIS)擔綱，依據相關食品與農產品安全法規的標準與要求，進行檢驗與檢疫工作，必要時會跨部會與相關部會合作。包括：一般食品安全等項目的事項，遵循衛生部的標準與要求；與肉品等項目有關事務，與獸醫事務局(Department of Veterinary Service, DVS)合作；以及與水產/魚類等項目有管的事務，與有關的漁業局(Fishery Department)。
原則上，馬來西亞衛生部並未要求所有進口食品必須具備有進口許可，但針對定食品項目則有額外的規定，例如需檢附相關證明文件，始得以入境。有關此類特殊食品項目的規定(2018/11，共計21項)，可參考衛生部(MOH)食品安全與品質局(FSQ)的管制清單(FSQ官網/ SERVICES/FOOD IMPORT，MATRIX FOR IMPORTATION OF FOODS UNDER THE CONTROL OF MINISTRY OF HEALTH MALAYSIA，http://fsq.moh.gov.my/v6/xs/page.php?id=441000100)
在進口食品有關的程序上，可參考下列流程圖：
上述流程中，各項流程項目的參考如下：
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流程項目
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參考資訊
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1，符合進口相關法規的要求
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需符合食品法(1983)以及相關法規(食品法規(1985)的細項規定)
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2，透過FoSIM，註冊代理商/進口商/進口代理商 相關資訊<
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所有的代理商/進口商/進口代理商都必須透過Food Safety Information System of Malaysia (FoSIM) 系統進行註冊。
有關FoSIM系統的操作指南，可參考：http://fsis2.moh.gov.my/UploadFosim/REFERENCE/120210102310R12FOSIMv2_UM_COMPREG_v1.0.pdf
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3，透過FoSIM，提示/註明進口食品
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所有的代理商/進口商/進口代理商都必須透過FoSIM系統，填寫相關細節(包括：使用目的/產品細節)。
操作上，可點選FoSIM系統上的”SMK Interface”選單。
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4，邊境檢驗
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檢驗的施行，是由衛生部(MOH)官員依據FoSIM系統中所協助/提示的風險基礎方法所決定。
食品進口可能需要進口許可/執照/或是滿足其他政府組織所要求的事項，例如：馬來西亞檢疫檢驗局(MAQIS)、獸醫事務局(DVS)、農業部(DOA)等單位。
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5，取得馬來西亞皇家關總署的許可
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繳納進口貨物稅、關稅等稅捐，以及馬來西亞皇家海關總署的要求事項
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參考網站與鏈結：